Zotero 的文獻庫管理包括了各類文檔的項目 (item)、標籤 (tag)、標記 (annotation) 與 文檔的附件 (pdf, doc, web page, ...)。它們被統一儲存在特定的資料夾內，安裝時預設的儲存位置為系統所屬的帳號目錄內，如 Windows 用戶儲存位置為 C:\Users\login-account-name\Zotero。當然，這個位置可以在開啟 Zotero 後自行變更位置，例如我把它設定於 D:\Zotero 資料夾，
預設該資料夾內有相關設定的檔案、資料夾，還有使用 sqlite 資料庫檔案來儲存上述相關文檔的資訊。如果涉及到多個裝置同步使用共同文檔的議題，當然就勢必需要設定同步儲存的位置。最簡單的方式就是申請 Zotero 帳號，然後購買儲存空間 (因為免費版本僅提供 300 mb，是無法儲存多量的附檔)。如此都不用煩惱如何作有效的同步設定。
當然，能省就省，退而求其次，如果擁有私有雲或雲端儲存服務有提供 WebDAV 協定的存取，那也是只要設定好存取位置就可以達成同步的需求。官方有列出關於提供 WebDAV 服務的 ISP 列表 (對岸最有名的即是堅果雲)。
如果沒有上述兩個條件，那麼同步的設定就有些些麻煩，當然就只能利用雲端硬碟的方案來達成同步的需求。同步設定的一個必要觀念就是：不要把上述所提及 Zotero 的文檔資料夾全給指定在雲端硬碟位置上，否則會出問題！(道理很簡單，sqlite 資料庫檔案係處於 open 狀態，直接儲存肯定出問題)
其實真正要同步的是如 PDF 那些附檔案，而它們會被儲存在位於 \Zotero\storage 資料夾內的某一隨機數字名稱的資料夾。使用隨機數字所儲存的資料夾看來很無序，但這是 Zotero 內建的索引機制，如果不想這樣用它，是可以使用第三方插件 - zotfile 來達成對資料夾更有意義的命名，它會改以鏈結附檔 (Linked Attachment) 的方式來管理文檔與附件之間的關聯。這種方式看起來相當不錯，尤其是多個裝置要存取這些鏈結附檔時都能有一致的路徑，只要這些附檔所在主資料夾內的參考路徑不變。但使用 zotfile 改為鏈結方式有個最大的問題：要刪除文檔時，所關聯的附檔不會一併被刪除，當日久量大的時候就很有可能會造成冗餘或重複的附檔。
關於如何使用 zotfile 的鏈結附檔，可以參考下述文章：
o Zotero + Onedrive 文献管理神器的网盘同步设置。
不過幾經嘗試與比較，目前還是決定先採用官方內建的儲存管理方式，來得比較單純，日後如果 zotfile 能解決了鏈結附檔同步更新與刪除等問題，再來改換也是可以的。
其實 Zotero 的同步，主要就是考量兩個議題：
- 資料檔案夾 (如 D:\Zotero) 內相關的配置檔案、sqlite 資料庫檔案等如何同步？
- 附檔案所在的資料夾 (如 D:\Zotero\storage) 該如何同步？
第一點很簡單，就是仍使用官方的「Data Sync」，但不使用「File Sync 」，也就是把下圖中的「檔案同步中」兩個選項取消勾選。其實就是附檔案不採用官方的同步，而「Data Sync」所佔用空間極小，預設的 300 mb 是足足有餘。
